有機農業推進法による国の基本方針は、3月27日に開かれた食料・農業・農村政策審議会第６回生産分科会で農水省の修正原案通り答申されることとなった。農水省案は、前回の審議と意見募集（3月1日から3月15日）を踏まえ、10数ヶ所の語句訂正や追記による修正がなされた。また、意見募集では219人・団体から575件の意見が提出されたという。

　前回の審議会で農水省案が示され、委員より補強意見が出されていた。ことに、有機農業の位置づけを環境保全型農業の一部とする農水省案に対して、金子委員（有機農業者）と石井委員（島根県農林水産部農畜産振興課有機農業グループリーダー）より別のものと位置づけるように求める意見が出されていた。

　　第５回食料・農業・農村政策審議会生産分科会議事録

　27日の審議では、出席した9名の委員の全会一致で農水省案を認めることとなった。その中で、横川委員（日本フードシステム協会理事）から「有機農業を国が30年放置していた」との厳しい意見が出された。これに農水省は、「30年放置」には、「一挙に有機にいけないので環境保全型に注力してきたが今後は有機は有機としてきちんと取り組む」と答えた。審議会の最後に挨拶に立った吉田審議官はこの基本方針について「重い課題をもらったと思う。横川委員の言われた「30年放置してきた」との意見を重く受け止める」とし、また今後は有機農業団体などと協力して、環境保全型農業の一部という有機農業の位置付けは変えないものの、環境保全型とは別のものとして推進に努めると明言した。

　有機農業者への直接支援はならなかったが、今後は、この基本方針に基づく都道府県や市町村レベルでの基本計画の策定と具体的な施策実施の段階へ向かうこととなる。